• Wednesday July 17,2019

Bayes & Out-of-Africa vs. Alan Templeton

Anonim

Alan Templeton, yang teks Populasi Genetika dan Teori Mikroevolusi berada di bawah Hartl & Clark dalam buku saya, baru-baru ini menerbitkan sebuah kertas yang ditulis dengan kuat, Kesimpulan koheren dan tidak sepadan dalam phylogeography dan evolusi manusia. Kemungkinan kesilapan statistik dalam kerja-kerja yang diterbitkan tidak mengejutkan, saya telah mendengar bahawa apabila ahli statistik diminta menyusun kertas dalam jurnal genetik perubatan terdapat kesilapan asas dalam ~ 3/4 daripada mereka yang telah membuatnya diluar peer review. Bahawa dikatakan Templeton nampaknya membuat kes yang lebih kuat daripada penafsiran mudah terhadap kesilapan asas, khususnya dia mencadangkan bahawa kaedah "ABC" yang terletak di tengah-tengah kertas yang saya periksa pada minggu lalu tidak masuk akal di akarnya. Inilah abstrak Templeton:

Hipotesis bersarang dalam hipotesis yang lebih umum apabila ia merupakan kes khas hipotesis yang lebih umum. Hipotesis komposit terdiri daripada lebih daripada satu komponen, dan dalam kebanyakan kes hypotheses komposit yang berbeza boleh berkongsi beberapa tetapi tidak semua komponen ini dan oleh itu bertindih. Dalam statistik, langkah-langkah koheren yang sesuai dengan hipotesis bersarang dan bertindih bertindih secara teknikal adalah langkah-langkah yang konsisten dengan kekangan logik formal. Sebagai contoh, kebarangkalian kes khas bersarang mestilah kurang daripada atau sama dengan kebarangkalian model umum di mana kes khas bersarang. Mana-mana statistik yang memberi kebarangkalian lebih besar kepada kes khas dikatakan tidak masuk akal. Satu contoh ketidakcocokan ditunjukkan dalam evolusi manusia, yang mana perkiraan Bayesian pengiraan (ABC) kaedah yang diberikan kebarangkalian untuk model evolusi manusia yang seribu kali lebih besar daripada model yang lebih umum di mana model pertama sepenuhnya bersarang. Kemungkinan penyebab ketidakcocokan ini dikenalpasti, dan pembetulan dan pembatasan dicadangkan untuk menjadikan ABC dan kaedah yang serupa. Kaedah berasaskan coalescent yang lain, analisis phylogeographic clade bersarang, adalah koheren dan juga membolehkan pengujian komponen individu hipotesis komposit, sifat lain yang kurang dalam ABC dan pendekatan simulasi simulasi lain. Ketidaksamaan adalah harta yang sangat tidak diingini kerana ia bermaksud kesimpulan secara matematik tidak betul dan secara tidak logik secara formal, dan kesimpulan yang tidak sepatutnya diterbitkan mengenai evolusi manusia yang memihak kepada hipotesis penggantian luar Afrika tidak mempunyai kesahan statistik atau logik.

Kaedah yang Templeton nikmat adalah semulajadi yang dia telah menolak pada masa lalu. Walau apa pun, saya tidak tahu butiran statistik yang cukup untuk memberi komen dengan banyak pengetahuan, tetapi saya melihat bahawa seorang ahli statistik telah memberi respons kepada Templeton sudah, jadi saya akan mengesyorkan untuk memeriksa perkara tersebut. Saya segera mencari maklum balas kerana kertas itu menggunakan bahasa yang benar-benar kuat dan meremehkan, dan saya agak berhati-hati tentang perkara seperti itu ketika cuba meruntuhkan asas-asas bidang penyelidikan keseluruhan (saya ingin menekankan bahawa secara keseluruhan saya menikmati Templeton kerja, tetapi kertas itu mengingatkan saya terlalu banyak Jerry Fodor). Petikannya tentang Popper khususnya kelihatan rayuan kepada pihak berkuasa yang bertujuan untuk meyakinkan ahli bukan ahli statistik dalam penonton, dan saya tidak dapat melihat titik itu selain utiliti retorik. Saya cenderung menerima beberapa model kritikan Templeton yang menganggap aliran gen sangat sedikit antara populasi hominin sebelum migrasi Keluar-Afrika, walaupun dari apa yang saya boleh katakan ia seolah-olah bahawa Afrika telah agak sedikit penghijrahan kembali ke selatan dari Sahara sepanjang 50, 000 tahun yang lalu, jadi mungkin ini adalah dinamik yang lebih tua juga. Saya optimis dengan berhati-hati bahawa pengekstrakan DNA dari fosil sendiri boleh meletakkan beberapa hujah-hujah ini ke atas tarian parameter, walaupun tafsiran semulajadi selalu menjadi isu di luar matematik tulen.

Untuk apa yang bernilai, inilah model yang digunakan oleh Templeton:

Garis nipis mewakili aliran gen berterusan di antara populasi, dan garis tebal sangat kuat demografik & genetik genetik yang mengatasi status genetik struktur genetik secara berkala. Saya telah menyiratkan sesuatu yang serupa dengan pembawa pada skala kecil H. sapiens sapiens .

Petikan: Kesimpulan yang koheren dan tidak sepatutnya dalam phylogeography dan evolusi manusia, PNAS 2010 107 (14) 6376-6381; doi: 10.1073 / pnas.0910647107


Artikel Yang Menarik

Mercury Meletakkan Pameran Rare Isnin

Mercury Meletakkan Pameran Rare Isnin

Pada hari Isnin pagi, Mercury akan melepasi permukaan matahari - cermin yang berlaku hanya 13 atau 14 kali setiap abad. Bermula pada pukul 7:12 waktu Timur, planet terkecil sistem suria akan memulakan joging selama lebih kurang 7 jam di sebalik cakera matahari. Dengan peralatan tontonan yang betul, Mercury akan muncul sebagai titik peluncuran di seluruh muka matahari

Undang-undang Marijuana Perubatan Mengurangkan Kematian Lalu Lintas?  Tarik Kemahiran Pemikiran Kritikal Anda

Undang-undang Marijuana Perubatan Mengurangkan Kematian Lalu Lintas? Tarik Kemahiran Pemikiran Kritikal Anda

Jika anda mengingati apa-apa dari kelas statistik, ia mungkin bahawa korelasi tidak ada sebab. Hanya kerana dua nombor berlaku untuk naik pada masa yang sama tidak bermaksud bahawa seseorang itu menyebabkan yang lain naik (atau jatuh, atau tahan stabil, atau apa sahaja). Sekiranya tidak ada penjelasan yang munasabah tentang bagaimana kedua-duanya dapat disambungkan, dan bukti bahawa penjelasan itu memang penyebab, semua yang anda ada adalah beberapa baris pada carta

Sains Pocket - apabila bakteria yang diperbudak pergi buruk, mikrobiak usus dan tikus lemak, dan janggut besi yang meleleh

Sains Pocket - apabila bakteria yang diperbudak pergi buruk, mikrobiak usus dan tikus lemak, dan janggut besi yang meleleh

Percobaan Sains Psikologi Tidak Tepat diteruskan setelah majoriti orang yang berkomentar menyukai jawatan perintis. Saya benar-benar menikmati ini, kerana sebab-sebab yang agak tidak dijangka. Ia memaksa saya untuk melancarkan otot yang biasanya tidak mendapat banyak senaman. Menulis kepingan pendek bermakna jauh lebih ekonomik dengan bahasa dan terperinci daripada biasa

Forensik DNA Jejas Jerung Killed untuk Sirinya

Forensik DNA Jejas Jerung Killed untuk Sirinya

DISCOVER telah meliputi ahli sains menggunakan DNA untuk menyiasat penyeludupan gading di Afrika dan sama ada tuna biru yang terancam di sushi anda di New York City. Sekarang sebuah pasukan Amerika menggunakan taktik itu untuk mendapatkan jejak pasaran binatang lain yang dipersoalkan, jerung yang dibunuh untuk membuat sup sirip hiu di Asia