• Wednesday July 17,2019

Keyakinan dalam kesimpulan dalam set data phylogenetic

Anonim

Beberapa minggu lalu, saya meletakkan data baru yang ditetapkan dalam repositori saya. Seperti amalan biasa saya sekarang, populasi boleh didapati dalam fail .fam. Tetapi saya telah menambah lebih banyak ke dalam ini. Saya perlu menulis semula tutorial ADMIXTURE saya tidak lama lagi, jadi saya fikir saya akan mengemukakan satu isu penting apabila menafsirkan set data ini menggunakan kaedah kluster: seseorang perlu memahami bahawa kesimpulan tidak dapat diletakkan pada satu keputusan tunggal. Sebaliknya, seseorang mesti cuba memastikan keteguhan statistik hasilnya. Sekiranya anda mencapai keputusan yang dijangkakan, ini jelas tidak menjadi pertimbangan penting, tetapi jika anda tiba di novel dan hasil yang mengejutkan, maka anda perlu memastikan bahawa ia bukan hanya satu kebetulan.

Untuk melakukan ini saya telah menjalankan data PHYLOCORE yang ditetapkan dengan cross-validation (biasa 5 kali ganda). Secara teori, anda harus dapat melihat di mana nilai diminimumkan, dan itulah yang "terbaik" K. Tetapi, pengalaman peribadi saya dengan menjalankan ADMIXTURE dan STRUKTUR adalah bahawa kemusykilan yang disimpulkan dari suatu K yang diberikan dari statistik itu sendiri tidak menentu. Dengan kata lain, adalah lebih baik untuk menjalankan replika set data apabila cuba menilai daya tahan. Saya akan menjalankan PHYLOCORE 50 kali, tetapi saya sudah mempunyai 10 larian.

Hasilnya diplotkan di bawah

Nampaknya yang paling sesuai untuk data ini adalah dalam julat 10 hingga 15 K. Tetapi perhatikan bahawa <10 K tidak terlalu menentu. Terdapat 10 mata, tetapi pada K = 5 misalnya mereka benar-benar overlay. Semasa anda meningkatkan jumlah populasi yang cuba disimpulkan oleh algoritma, hasil yang lebih tidak menentu adalah hasil silang silang.

Zoom dalam plot yang anda perhatikan bukan sahaja K = 13 mempunyai ralat silang silang minimum, tetapi nampaknya memperlihatkan turun naik yang paling sedikit. Saya mengesyaki bahawa keputusan ini akan berlaku, tetapi anda tidak pernah tahu. Intinya bukan untuk menetapkan peraturan yang keras dan tetap. Ia harus jelas dalam garis panduan bagaimana untuk mentafsir keputusan, yang boleh agak berbeza bergantung pada parameter masukan yang anda mulakan.

Addendum: Benih itu secara rawak, bagi mereka yang ingin tahu.


Artikel Yang Menarik

Manuver pada Beam Cahaya: Bagaimana Mengendali Pesawat Kapal Berlayar Solar

Manuver pada Beam Cahaya: Bagaimana Mengendali Pesawat Kapal Berlayar Solar

Musim panas ini, pelayaran matahari keemasan Jepun terbentang di angkasa, menjadi misi yang berjaya pertama untuk berlayar dengan tekanan fizikal sinaran matahari. Kejayaannya membawa para pemimpi seperti pengarah Persatuan Planetarium Bill Nye untuk membayangkan masa depan mesin yang diterajui oleh tekanan laser untuk meneroka kosmos

Adakah Sains Iklim Mempunyai John Scopes?

Adakah Sains Iklim Mempunyai John Scopes?

Dalam jawatan terakhir saya, saya menyatakan bahawa Los Alamitos Unified School District telah meletakkan dasar untuk "mengajar kontroversi" sains iklim. (Laporan berita di sini.) Jika ini adalah evolusi dan bukannya sains iklim, tindakan sedemikian mungkin menggambarkan Amaran Pertama, tuntutan gereja dan negeri

Friday Fluff - 26 November 2010

Friday Fluff - 26 November 2010

1. Pertama, satu jawatan dari masa lalu : Ketakwaan sosial manusia. 2. Pertanyaan carian pelik minggu ini : 'kajian biologi evolusi pelacur. ' 3. Komen minggu ini , sebagai tindak balas kepada kultus Korea: Razib, seperti yang anda katakan mereka celik, tetapi tidak dengan cara yang bebas

Buku (P) kajian # 1: Kehidupan Meningkat, Sepuluh Great Inventions Evolution

Buku (P) kajian # 1: Kehidupan Meningkat, Sepuluh Great Inventions Evolution

Bulan lalu, saya bertanya kepada anda bagaimana untuk mengendalikan timbunan buku sains yang saya terima (sebelum saya mendermakan kebanyakan mereka ke perpustakaan, sudah tentu). Banyak pluraliti yang anda undi memihak kepada penerangan kecil kerakyatan, dan bukannya alternatif seperti ulasan yang kurang kerap

Galaxy Orbit Betray Neatnik Universe

Galaxy Orbit Betray Neatnik Universe

Biasanya, kemajuan sains membawa kepada kerumitan yang lebih besar - sayangnya, Bumi bukan satu-satunya dunia; tidak, elektron tidak mempunyai bola kecil kecil; Malangnya, kuman tidak semua baik atau buruk. Tetapi sekali-sekala, para saintis menemui alam semesta yang suka pesanan kecil juga: Para astronom baru saja mengetahui gerombolan galaksi kerdil yang mengorbit yang besar cenderung melakukannya dalam cakera yang baik dan jelas

Starfish Meruntuhkan Eksperimen dan Mendedahkan Kekuatan Besar

Starfish Meruntuhkan Eksperimen dan Mendedahkan Kekuatan Besar

Para saintis sudah mengetahui bintang laut mempunyai kuasa-kuasa besar. Mereka boleh menjana keseluruhan anggota badan atau organ yang hilang; sesetengahnya boleh menyusun kembali seluruh badan dari satu tangan. Dan haiwan-haiwan ini baru saja mendedahkan kebolehan yang aneh. Kepada dua pelajar Denmark, ia pertama kali muncul sebagai kuasa untuk menghancurkan eksperimen