• Wednesday July 17,2019

Satu analisis menyelam yang lebih mendalam dari dua orang Kuba

Anonim

Sekitar seminggu yang lalu, saya meletakkan jawatan yang dibuat pada analisis sebuah kertas yang melaporkan tentang leluhur yang terdiri daripada 50 orang Kuba (serta pelbagai kumpulan Hispanic / Latino yang lain). Salah satu aspek kertas yang agak ketara adalah bahawa 1 dari 3 orang Kuba adalah 90 peratus atau lebih orang Eropah dalam keturunan. Ketidaksamaan ini adalah bahawa 5 dari 6 orang Kuba Amerika dikenali sebagai putih. Iaitu, keturunan Eropah. Kaveat utama di sini adalah bahawa Kuba ini telah dicontohi dari New York City, dan pada tahap yang lebih rendah Midwest. Hakikat persamaan non-Eropah dalam individu Eropah putih dari Amerika Latin tidaklah mengejutkan. Harapan kami sebelum ini adalah bahawa campuran itu tidak remeh, walaupun tidak penuh. Sebagai contoh, majoriti penduduk putih Argentina mempunyai keturunan Amerindian (atau, lebih tepatnya ~ 15 peratus daripada keturunan agregat Argentina adalah Amerindian). Setidak-tidaknya Cuba adalah budaya yang lebih bercampur-campur racun dari Argentina, jadi campuran putih bukan putih walaupun Kuba putih tidak menghairankan.

Berdasarkan kertas di atas (dan data yang dapat anda temukan pada orang putih Amerika Latin yang lain), serta genotip dari dua kenalan Amerika Cuba, saya menegaskan bahawa atas perintah ~ 10 peratus dari keturunan Kuba putih rata-rata adalah akan menjadi orang Afrika. Sememangnya ini mendorong beberapa bantahan. Sesetengah individu tidak terlalu sopan. Saya fikir isu utama yang saya harus jujur ​​tentang perkara ini adalah ini: Saya tidak terlalu peduli mengenai topik ini pada tahap pendengaran . Sekarang, saya berminat mengenainya. Dan kes-kes tertentu menerangi keseluruhan yang lebih besar, yang memberi komen mengenai pelbagai dinamik genetik dan populasi penduduk. Tetapi saya tidak mempunyai pelaburan yang kukuh dalam contoh khusus kuota nenek moyang Kuba, atau mana-mana kumpulan lain.

Kedua, terdapat bantahan terhadap perhatian menyeluruh terhadap metodologi saintifik, seperti perwakilan dan saiz sampel. Ini adalah suatu bantahan yang serius dalam abstrak, tetapi kenyataannya adalah bahawa generasi genomik telah dilakukan dengan keturunan sebagai tidak mewakili sebagai "orang kulit putih Utah." Sains dan pengetahuan yang mencari secara berterusan adalah proses ad hoc dan ceroboh, tanpa perhatian besar kepada buku metodologi saintifik yang betul. Apabila kita tidak mempunyai banyak maklumat, apa-apa maklumat tambahan sering berguna, selagi kita mengingati kesilapan yang diperkenalkan kepada proses ini.

Semua yang dikatakan, satu commenter membawa saya perhatian kertas yang menarik. Ia melaporkan 6 peratus keturunan Afrika dalam populasi Kuba Havana yang sangat besar. Kelemahan utama ialah mereka hanya menggunakan 60 SNP, berbanding 60, 000 SNP dalam kajian di atas. Sudah tentu 60 SNP itu adalah "informal leluhur, " tetapi pada 6 peratus berbanding 10 peratus (anggaran terdahulu saya), saya tidak pasti bahawa saya harus benar-benar mempercayai ketepatan dan mengemas kini nilai saya. Tetapi saya fikir bahawa bagaimanapun kajian ini menumpukan kepada hasil kualitatif yang sama: Kuba putih, seperti orang Amerika Latin putih pada umumnya, nampaknya biasanya memperlihatkan keturunan non-Eropah yang bukan keturunan.

Tetapi demi kepentingan menggerakkan perbincangan ke hadapan, pengulas yang membawa kertas di atas untuk perhatian saya membekalkan dua genotip 23andMe dari Kuba Amerika: dirinya dan suaminya. Saya sekarang akan merujuknya sebagai "Cuba 1" dan suaminya sebagai "Cuba 2." Saya mencipta satu kumpulan data kumpulan penduduk berikut:


Utah Whites HapMap
Mandenka HGDP
Yoruba HapMap & HGDP
Jepun dan China HGDP
Maya HGDP
Surui HGDP
Gujarati HapMap
Basque Perancis
Populasi Sepanyol

Selepas menggabungkan set penanda dikurangkan kepada 200, 000. Ini adalah jenis berlebihan untuk perbezaan antara benua, tetapi itu baik-baik saja. Saya berlari ADMIXTURE sehingga K = 7, dan melakukan PCA untuk 10 dimensi. Semua hasil akhir boleh didapati di sini.

ADMIXTURE berhenti menjadi bermaklumat selepas K = 6 (substruktur Yoruba mula bergetar di K = 7). Berikut adalah hasil penuh:

Cuba 2 mempunyai keturunan paling Afrika dari mana-mana bukan Afrika dalam sampel. Di samping itu, perhatikan keturunan Amerindiannya yang tinggi. Ini lebih ketara, kerana ia tidak terdapat dalam sampel Sepanyol. Coraknya sama seperti yang jelas di PCA (kedua-dua Kuba dikelilingi).

Saya hanya melabelkan individu Sepanyol untuk plot kedua, iaitu zum masuk. Keturunan Afrika dan Amerindian Cuba 2 adalah jelas dalam PCA dan ADMIXTURE. Cuba 1 nampaknya mempunyai keturunan Afrika.

tetapi dia juga boleh menjadi orang Sepanyol dengan keturunan Afrika melalui tempoh Moor. Saya percaya bahawa Moors telah memperkenalkan keturunan Afrika ke Sepanyol. Mengapa? Berikut adalah plot individu, untuk Basque vs bukan-Basque Spaniards (dengan Cuba 1 dan Cuba 2):

Secara keseluruhan, ia kelihatan bahawa Cuba 2 adalah 5-10 peratus bukan putih. Cuba 1 pasti mempunyai keturunan bukan putih yang lebih putih daripada Amerika putih biasa, tetapi boleh dikatakan hanya berada pada satu julat pengedaran di Sepanyol. Analisis lanjut mengenai pola admixture pada paras kromosom akan menjawab soalan ini (admixture pasca-Kolombia tidak akan dikitar semula terhadap latar belakang genetik Eropah). Cuba 1 atau Cuba 2 tidak mempunyai keturunan Cina. Sebaliknya, mereka "Asia" dalam 23andMe hampir pasti Amerindian. Ini pasti berlaku untuk Cuba 2. Cuba 1 kelihatan sebagai tahap "bunyi bising" bagi komponen itu (ini meningkatkan anggaran saya tentang kemungkinan bahawa campuran Afrika sudah tua dan Moorish, kerana admixture pasca-Columbus mungkin dinyatakan dalam tri -keluarga).

Jika anda seorang Amerika Latin putih, saya menjemput anda menghantar saya genotip anda di contactgnxp -at- gmail -dot- com. Terutama jika anda telah diberitahu anda adalah "Sepanyol tulen."


Artikel Yang Menarik

Dapatkan beberapa Kematian, membantu beberapa JREF

Dapatkan beberapa Kematian, membantu beberapa JREF

Kemaskini: Nah, itu kuasa intertoobs: JREF itu adalah salinan! Saya akan mendapatkan mereka untuk memesan lebih banyak, tetapi mungkin mengambil masa beberapa minggu; Saya akan membuat kemas kini apabila saya mengetahui. Kemas kini 2: Pelan JREF untuk mendapatkan lebih banyak salinan. Saya akan memberitahu anda apabila mereka masuk

Melihat kembali pada letusan El Chichón pada tahun 1982 di Mexico

Melihat kembali pada letusan El Chichón pada tahun 1982 di Mexico

Hari ini menandakan ulang tahun ke-30 salah satu peristiwa gunung berapi paling penting pada abad ke-20 - letusan El Chichón di Mexico. Dalam masa kurang dari seminggu, gunung berapi yang tidak aktif di Chiapas menghasilkan tiga letusan Plinian yang menewaskan sekurang-kurangnya 1, 900 orang yang tinggal di dekat gunung berapi dan juga mengeluarkan sejumlah besar sulfur dioksida dan partikel ke atmosfera berbanding dengan letusan.

Leher yang mengejutkan zirafah

Leher yang mengejutkan zirafah

Penjelajah Penyiasatan Inframerah Lebar Medan NASA mengambil gambar terakhir langit pada bulan Februari, 2011. Tetapi ketika ia aktif ia meninjau seluruh langit beberapa kali di inframerah jauh, sehingga arsip datanya adalah harta karun yang luas hanya menunggu untuk digali ke dalam (hmmm, saya harus cuba memerah metafora lain ke sana)

Minda Lebih Berbahaya Daripada Pedang

Minda Lebih Berbahaya Daripada Pedang

Salah satu tuntutan ini pastinya membuat darah anda mendidih: penegasan bahawa manusia tidak mempunyai jiwa. Atau bahawa kita bersendirian di alam semesta. Atau bahawa pencarian untuk asal usul hidup adalah sia-sia. Dalam Apakah Idea Berbahaya Anda? Pemimpin terkemuka pada hari ini (Harper Perennial, $ 13

Pencabar baru untuk gunung berapi terbesar di Sistem Suria?

Pencabar baru untuk gunung berapi terbesar di Sistem Suria?

Selama beberapa dekad sekarang, pemegang gelaran untuk gunung berapi terbesar dalam sistem solar telah Mars 'Olympus Mons. Gunung berapi itu besar - dan dengan itu saya maksudkan ia merangkumi kawasan yang sama dengan keadaan Arizona - gunung perisai basaltik dengan pelbagai keruntuhan kaldera ciri di puncak (lihat kiri atas)