• Saturday July 20,2019

Tutsi genetik, ii

Anonim

Dalam catatan saya di bawah, Tutsi mungkin berbeza secara genetik dari Hutu, terdapat banyak komen. Ada yang tidak saya posting kerana mereka tidak sopan, walaupun mereka menanyakan soalan yang sah. Saya akan menangani isu-isu tersebut, tetapi saya memetik satu komen:

Itu satu kemungkinan yang menarik, tetapi kontrak tambahan ini tidak memecah orang Afrika yang bukan pemburu itu. Dalam salah satu analisis sebelumnya anda di Afrika Timur, anda berjaya mendapatkan kluster 'Afro-Asiatic / Cushitic' dan 'Nilotic' yang cukup tepat. Adakah mungkin anda boleh menjalankan sampel Tutsi ini menggunakan tetapan campuran yang sama seperti dalam pos blog 'Flavors of Afro-Asiatic untuk melihat apakah ia membawa komponen Nilotic yang penting atau kebanyakannya berasal dari Bantu & Cushitic?

Jadi saya mereplikasi ADMIXTURE berjalan untuk banyak penduduk yang sama seperti yang saya lakukan dalam jawatan saya, Flavors of Afro-Asiatic. Saya juga menjaringkan set populasi dan menghasilkan PCA dengan EIGENSOFT. Sebelum saya sampai kepada keputusan tersebut, saya akan menangani soalan tersebut.

1) "Adakah proksi Luhya sesuai untuk Hutus?"

Mungkin. Sebabnya ialah penduduk yang berbahasa Bantu, dari Congo ke Afrika Selatan, sangat menghairankan. Bukan itu sahaja, tetapi populasi ini sangat tersendiri dari kumpulan yang dekat dengannya secara geografi, tetapi berbeza bahasa (misalnya, Khoe, Sandawe, Masai). Luhya tidak luar biasa. Saya telah menjalankan Henn et al. set data cukup untuk yakin bahawa mereka betul-betul seperti yang sepatutnya. Mereka cukup banyak yang anda harapkan daripada Kenyan Bantu. Unsur utama yang mengikat mereka kembali ke titik asal Afrika Timur Tengah, dengan beberapa campuran dengan elemen Afrika Timur yang lain (Begitu juga, Bantu Afrika Selatan mempamerkan campuran Khoisan). The Hutu mungkin adalah pelik, tetapi kita tidak tahu, dan batal saya adalah mereka kebanyakannya Bantu dengan beberapa campuran, seperti halnya dengan kebanyakan populasi Bantu yang bercakap (Tutsi ini seolah-olah menjadi pengecualian dalam konteks itu, kerana mereka mungkin berkata Bantu). Jika anda berfikir bahawa Luhya tidak sesuai, saya menjemput anda untuk memuat turun HapMap Luhya, dan menggabungkan mereka dengan beberapa Henn et al. set data (atau set data HGDP atau Behar). Saya fikir ia perlu meyakinkan anda.


2) "Peratusan admixture yang anda berikan adalah pelik untuk penduduk X."

Seseorang yang lebih fasih secara teknikal daripada saya boleh membetulkan saya, tetapi saya cadangkan anda berhati-hati untuk mengambil peratusan mutlak terlalu literal. Jika anda memberitahu algoritma statistik untuk menolak variasi genetik yang anda masukkan ke dalam beberapa kotak tertentu, ia akan melakukannya, walaupun ia perlu memerahnya dalam pelbagai cara. Dalam erti kata lain, modulasi parameter adalah cara mudah untuk menghasilkan banyak perkadaran mutlak yang aneh. Selalunya ia jelas bahawa populasi yang sangat digabungkan muncul sebagai cluster tersendiri.

tetapi itu menimbulkan persoalan, bilakah admixture begitu jauh bahawa ia tidak perlu dikira? Daripada memberi tumpuan pada peratusan mutlak, lihat hubungan antara individu dan populasi. Ini juga boleh mengkritik dan mengurut, tetapi pengalaman peribadi saya adalah bahawa mereka agak kurang menentu.

3) "Kelompok Nilotic tidak memetakan dengan baik ke populasi Nilotic."

Label yang diberikan, secara rasmi atau tidak rasmi, kepada kluster populasi adalah untuk kemudahan ingatan. Mereka tidak ada untuk menghantar kepada anda maklumat konkrit sebenar tentang sejarah penduduk yang mendalam dan hubungannya. Di samping itu, selalu ada banyak kekeliruan apabila anda memanfaatkan istilah geografi atau bahasa yang hanya mempunyai perhubungan dengan kelompok genetik. Jangan terperangkap dalam semantik yang anda lupakan bahawa komponen ADMIXTURE adalah abstraksi, berguna untuk menghilangkan variasi genetik, bukan dengan sempurna memetakan ke beberapa set populasi yang ideal.

Sekarang untuk keputusan saya. Saya menggunakan 200, 000 penanda. Saya menggabungkan orang Lithuania dan Belorussia ke dalam satu periuk sebagai "Baltik, " dan Syria dan Jordanians ke lain sebagai "Levantines." Bagi PCA saya memberi tumpuan kepada populasi Afrika, dan menggunakan Yahudi Yaman sebagai kelompok luar. Di samping itu, terdapat struktur yang jelas kerana beberapa hubungan keluarga di kalangan Masai. Ini adalah masalah dalam banyak berjalan dengan mereka. Walaupun anda mengeluarkan "masalah" individu, kumpulan lain cenderung menanam di K yang lebih tinggi di mana Masai sangat banyak. Walau apa pun, untuk tujuan ini, mereka mengabaikan kluster keluarga, dan memberi tumpuan kepada individu yang lebih tipikal di kalangan Masai.

Ingat bahawa Tutsi adalah 3/4 Tutsi, 1/4 Hutu. Ia adalah N = 1. Begitu juga Nubia. Anda lihat di banyak populasi Horn of Africa bahawa komponen Eurasia mempunyai hubungan dengan Yemenis, bukan orang Eropah. Sebaliknya, Nubia mempunyai beberapa komponen seperti Eropah. Ini mungkin semata-mata kerana hakikat bahawa dalam hal ini, Levantines sendiri mempunyai itu, dan orang Mesir yang juga membawa komponen itu adalah sebahagian daripada warisan Nubia. Tutsi mempunyai komponen Asia Barat Daya, yang kekurangan Masai.

Untuk mendapatkan pengertian yang lebih baik, mari kita melihat sepotong individu. The Tutsi adalah yang terakhir. Hubungan keluarga beberapa Masai juga jelas. Fokus pada Masai dan Tutsi yang lebih tipikal:

Melihat hasil individu nampaknya Tutsi dapat ditempatkan dengan pelbagai kombinasi komponen leluhur Masai, walaupun bukan Luhya. Untuk mendapatkan sudut pandangan yang berbeza, mari lihat di beberapa PCA, yang menggambarkan komponen terbesar variasi genetik dalam set data.

Hasilnya tidak dipotong & kering. Saya kurang skeptikal terhadap beberapa unsur Afro-Asiatik dalam warisan Tutsi, walaupun masih nampaknya pertalian yang dominan adalah dengan Masai.

Nota: Saya berlari K = 7 hingga K - 10. Tidak ada apa-apa yang berbeza dalam corak umum larian yang saya tidak tunjukkan.


Artikel Yang Menarik

Pendakwa kepada Pengasas 4Chan: Tolong Terangkan Maksud  "Rickroll "

Pendakwa kepada Pengasas 4Chan: Tolong Terangkan Maksud "Rickroll "

Apabila seorang lelaki Tennessee menggodam akaun e-mel Sarah Palin dan menulis tentang eksploitasinya di forum 4chan, penyiasat persekutuan meminta pengasas laman web Christopher "Moot" Poole untuk log server. Kesaksian Mahkamah dari April dan diterbitkan semalam menunjukkan bahawa pendakwa raya persekutuan mempunyai pertanyaan lain yang menekan untuk Poole: sebagai contoh, arti "peeps" dan "rickroll

Jurutera burung kecil merasakan perikatan antara elang dan treeshrew

Jurutera burung kecil merasakan perikatan antara elang dan treeshrew

Di Pulau Nicobar, di Lautan Hindi, parti berburu yang paling luar biasa mencari makanan. Melalui cawangan-cawangan hutan, nicobar Nicobar kecil membelit mencari seekor serangga. Mereka diikuti oleh drongo-ekor raket, seekor burung kecil yang memetik morsel berair yang dipancarkan oleh treeshrews. Setakat ini, ini tidak lazim - banyak makanan ternakan yang jauh berbeza, sama ada kerana mereka lebih bersih makanan atau kerana mereka boleh memerhatikan pemangsa

Breaking the Link - Darwinius mendedahkan sebagai nenek moyang apa-apa

Breaking the Link - Darwinius mendedahkan sebagai nenek moyang apa-apa

Buangkan minda anda kembali ke bulan Jun, apabila binatang fosil yang dinamakan Darwinius (alternatif Ida atau "The Link") telah diumumkan kepada dunia untuk kegembiraan dan keadaan yang luar biasa. Iklan hiperbola mengisytiharkan hari penemuan Ida sebagai yang paling penting untuk 47 juta tahun

Eau de Manipulation: Nyamuk Malarial Lebih Menarik Untuk Aromatik Manusia

Eau de Manipulation: Nyamuk Malarial Lebih Menarik Untuk Aromatik Manusia

Pada masa anda menyedari apa yang telah berlaku, sudah terlambat. Nyamuk Anopheles gambiae boleh mendarat di kulit anda tanpa disedari. Walaupun anda terus tidak menyedari, dia diam-diam berjalan di atas daging terdedah anda, mencari, menyelidik permukaan kulit anda dengan proboscisnya sehingga dia mendapati saluran darah

Storm Solar Powerful Dapat Menjana Aurora Malam yang Menakjubkan

Storm Solar Powerful Dapat Menjana Aurora Malam yang Menakjubkan

Jika anda pergi ke luar malam ini dan melihat, anda dapat menyaksikan kesan-kesan yang mempesonakan daripada cuaca celestial yang sangat teruk. Pusat Prediksi Cuaca Angkasa di NOAA mengeluarkan isyarat pagi ini amaran ribut geomagnetik "Kuat" yang menyerap kawasan atas atmosfera kita. Gelombang elektron yang dihasilkan dapat mencetuskan penggera pada beberapa sistem kuasa di latitud tinggi dan membuang sistem navigasi satelit, tetapi kesan yang paling jelas harus menjadi kehadiran auroras yang megah yang menjangkau benua Amerika Syarikat